С 1990 г. на НИС «Трепанг» начались выполняться научно-исследовательские работы МГИ в Черном море. Всего было выполнено 18 рейсов.
Данное судно было удобным для постановки буйковых станций и других автоматических приборов, необходимых для научных исследований. Следует отметить, что на "Трепанге" исследования могли проводиться до 3-4 баллов в море.